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 以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。

 为了拍摄心中理想的怪兽电影，这群萌趣活宝四处物色演员，竟然真的集齐了各式怪兽，上演疯狂大乱斗！

故事围绕着八岁的维奥丽特展开。在父母离世后，她搬到了脾气暴躁的舅舅雷吉斯家中生活。雷吉斯是凡尔赛宫的一名维修工人。他们一起度过了人生中的种种难关，在凡尔赛宫的历史背景下建立了深厚的感情。